主管國稅機(jī)關(guān)對比對結(jié)果為相符的增值稅抵扣憑證可允許其申報(bào)抵扣，對比對結(jié)果異常的增值稅抵扣憑證應(yīng)進(jìn)行審核檢查。審核檢查結(jié)果為第一類技術(shù)性錯誤原因造成比對異常的，經(jīng)過技術(shù)處理后允許其申報(bào)抵扣。比對異常的其他抵扣憑證，必須先進(jìn)行審核檢查，再依有關(guān)規(guī)定分別進(jìn)行處理。審核檢查結(jié)果為第一類技術(shù)性錯誤原因造成的比對異常的，經(jīng)過技術(shù)處理后允許其抵扣。

　　為了強(qiáng)化對增值稅專用發(fā)票和其他抵扣憑證的管理，2004年9月20日總局下對增值稅抵扣憑證審核檢查的有關(guān)問題予以明確。在明確相關(guān)問題之后，當(dāng)然要解決增值稅抵扣憑證異常存在的問題，因此，小編針對異常憑證給出了一些處理方法，希望大家能對于增值稅抵扣憑證有一個正確的認(rèn)識。

　　1、走逃（失聯(lián)）企業(yè)的異常憑證

　　2、稅收風(fēng)險分析評估中發(fā)現(xiàn)的異常憑證

　　3、發(fā)票開具和納稅申報(bào)數(shù)據(jù)監(jiān)控發(fā)現(xiàn)的異常憑證

　　4、非正常戶的失控發(fā)票

　　5、稽核比對結(jié)果的異常抵扣憑證

　　1、對輔導(dǎo)期新辦商貿(mào)企業(yè)一般納稅人按照國稅發(fā)明電〔2004〕37號文件的規(guī)定實(shí)行“先比對后抵扣”。主管國稅機(jī)關(guān)對比對結(jié)果為“相符”的增值稅抵扣憑證可允許其申報(bào)抵扣，對比對結(jié)果異常的增值稅抵扣憑證應(yīng)進(jìn)行審核檢查。審核檢查結(jié)果為第一類技術(shù)性錯誤原因造成比對異常的，經(jīng)過技術(shù)處理后允許其申報(bào)抵扣；審核檢查結(jié)果為第二類問題的，不允許其申報(bào)抵扣，由管理部門依有關(guān)規(guī)定進(jìn)行處理；審核檢查結(jié)果為第三類問題的，不允許申報(bào)抵扣，移交稽查部門立案查處。

　　2、對新辦商貿(mào)企業(yè)以外的一般納稅人比對異常的增值稅專用發(fā)票按現(xiàn)行規(guī)定處理；比對異常的其他抵扣憑證，必須先進(jìn)行審核檢查，再依有關(guān)規(guī)定分別進(jìn)行處理。審核檢查結(jié)果為第一類技術(shù)性錯誤原因造成的比對異常的，經(jīng)過技術(shù)處理后允許其抵扣；審核檢查結(jié)果為第二類問題的，管理部門再依有關(guān)規(guī)定分別進(jìn)行補(bǔ)稅、加收滯納金、罰款；審核檢查結(jié)果為第三類問題的，移交稽查部門立案查處。

　　1、抵扣方主管國稅機(jī)關(guān)的審核檢查

　　對比對“不符”、“缺聯(lián)”、“屬于作廢”的增值稅專用發(fā)票和比對“不符”、“缺聯(lián)”和“重號”的其他抵扣憑證，由抵扣方主管國稅機(jī)關(guān)管理部門進(jìn)行審核檢查。

　　（1）如果經(jīng)抵扣方主管國稅機(jī)關(guān)審核檢查，即可查明“不符”、“缺聯(lián)”、“屬于作廢”、“重號”原因，而不需再由開票方主管稅務(wù)機(jī)關(guān)（海關(guān)代征進(jìn)口增值稅專用繳款書為海關(guān)代征進(jìn)口增值稅專用繳款書入庫地國稅機(jī)關(guān)所屬計(jì)統(tǒng)部門）繼續(xù)審核檢查的，按照國稅發(fā)〔2004〕119號文件規(guī)定的不同情況依有關(guān)規(guī)定分別進(jìn)行處理。

　　（2）如果屬于抵扣聯(lián)采集錄入等技術(shù)性錯誤的其他抵扣憑證，進(jìn)行修改后經(jīng)人工比對兩聯(lián)相符，將“比對相符”的信息匯總上報(bào)；進(jìn)行修改后經(jīng)人工比對兩聯(lián)仍不符的，將修改后的信息交開票方主管稅務(wù)機(jī)關(guān)管理部門繼續(xù)審核檢查。

　　（3）如果需由開票方主管稅務(wù)機(jī)關(guān)繼續(xù)審核檢查的，交由開票方主管稅務(wù)機(jī)關(guān)管理部門繼續(xù)審核檢查。

　　2、開票方主管稅務(wù)機(jī)關(guān)管理部門對抵扣方主管國稅機(jī)關(guān)轉(zhuǎn)來信息的審核檢查

　　（1）如果不屬于存根聯(lián)（包括海關(guān)代征進(jìn)口增值稅專用繳款書第五聯(lián)，下同）采集錄入等技術(shù)性錯誤，將結(jié)果反饋抵扣方主管國稅機(jī)關(guān)。

　　（2）如果屬于存根聯(lián)采集錄入等技術(shù)性錯誤的其他抵扣憑證，進(jìn)行修改后經(jīng)人工比對兩聯(lián)相符的，或進(jìn)行修改后兩聯(lián)仍不符的，將信息反饋抵扣方主管國稅機(jī)關(guān)；如果屬于誤操作等原因的增值稅專用發(fā)票，將信息反饋抵扣方主管國稅機(jī)關(guān)。稅務(wù)機(jī)關(guān)誤操作的還應(yīng)出具書面證明。

　　（3）對由于開票方原因造成比對異常的，由開票方主管稅務(wù)機(jī)關(guān)管理部門按照國稅發(fā)〔2004〕119號文件規(guī)定的不同情況依有關(guān)規(guī)定分別進(jìn)行處理。

　　3、抵扣方主管國稅機(jī)關(guān)對開票方主管稅務(wù)機(jī)關(guān)已經(jīng)審核檢查的增值稅抵扣憑證，根據(jù)其返回的審核檢查結(jié)果確定比對異常原因，按照不同情況依有關(guān)規(guī)定分別進(jìn)行處理。在排除稅務(wù)機(jī)關(guān)技術(shù)、誤操作等原因造成的稽核比對異常發(fā)票后，如需進(jìn)一步檢查的，由抵扣方主管國稅機(jī)關(guān)稽查部門繼續(xù)檢查。

　　以上就是當(dāng)納稅人出現(xiàn)增值稅抵扣憑證異常的時候稅務(wù)機(jī)關(guān)的處理方法，不知道大家看完有沒有明白，總之就上述而言，納稅人是否允許申報(bào)抵扣是要視情況而定的，需稅務(wù)機(jī)關(guān)審查，如果出現(xiàn)不符合情況的異常憑證是會受到懲罰的，因此各納稅人在這一方面還需注意，如果對于此問題你還有不清楚的地方可聯(lián)系本站客服進(jìn)行咨詢。

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