在城鎮公共供水企業銷售自來水而向用水戶收取的水費中，基本水價部分向用水戶開具增值稅發票，計征增值稅;水資源費部分向用水戶開具財政專用收費票據，不計征增值稅。考慮到水資源費改稅后，城鎮公共供水企業不能再開具財政專用收費票據，其繳納的水資源稅所對應的水費收入，應向用水戶開具增值稅普通發票。2.對于需要抵扣進項稅額的取用水戶，原計征增值稅的自來水水費部分，繼續按3%計征增值稅，通過增值稅發票管理新系統單獨開具增值稅專用發票，可抵扣進項稅額;水資源費平移為水資源稅部分，開具增值稅普通發票，不需要進行進項稅額抵扣。
來源 國家稅務總局辦公廳
根據《財政部 稅務總局 水利部關于印發<擴大水資源稅改革試點實施辦法>的通知》(財稅〔2017〕80號)，自2017年12月1日起在上海、天津、山西、內蒙古、山東、河南、四川、陜西、寧夏9個省份擴大實施水資源費改稅試點。為確保稅費制度平穩轉換，財稅〔2017〕80號第26條規定，水資源稅改革試點期間，可按稅費平移原則對城鎮公共供水征收水資源稅，不增加居民生活用水和城鎮公共供水企業負擔。
改革前，部分試點省份對城鎮公共供水的用水戶征收水資源費。在城鎮公共供水企業銷售自來水而向用水戶收取的水費中，基本水價部分向用水戶開具增值稅發票，計征增值稅;水資源費部分向用水戶開具財政專用收費票據，不計征增值稅。水資源費改為水資源稅并由城鎮公共供水企業繳納后，為落實中央關于不增加城鎮公共供水企業負擔的改革試點精神，公告明確，在水資源費改稅試點期間，城鎮公共供水企業繳納的水資源稅所對應的水費收入，仍不計征增值稅。
考慮到水資源費改稅后，城鎮公共供水企業不能再開具財政專用收費票據，其繳納的水資源稅所對應的水費收入，應向用水戶(不包括轉供水戶)開具增值稅普通發票。為此，國家稅務總局在增值稅發票管理新系統不征稅項目下增加了“不征稅自來水”項目及編碼。城鎮公共供水企業在銷售自來水時，發票的開具方法如下
1.開具普通發票的，應分為兩項 原計征增值稅的自來水水費部分，繼續按3%計征增值稅;水資源費平移為水資源稅部分，在貨物勞務名稱欄填開“不征稅自來水”，在稅率欄選擇“不征稅”，稅額欄顯示為“***”。
2.對于需要抵扣進項稅額的取用水戶，原計征增值稅的自來水水費部分，繼續按3%計征增值稅，通過增值稅發票管理新系統單獨開具增值稅專用發票，可抵扣進項稅額;水資源費平移為水資源稅部分，開具增值稅普通發票，不需要進行進項稅額抵扣。
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